Für Dritt-Zahlungsanbieter wie Twint, PayPal oder PostFinance verrechnet Payrexx je nach Abo zusätzliche Transaktionskosten. Payrexx fungiert hierbei als technische Schnittstelle und stellt die Tools zur Zahlungsabwicklung zur Verfügung.
Die zusätzlichen Kosten variieren zwischen 0% (Premium) und 1% (Free).